Im Baugefüge der spätgotischen Hallenkirche hat sich ein zweigeschoßiger Restbestand eines romanischen Vorgängerbaus erhalten. An der Westseite springt ein quadratisches Chorjoch vor, unter dem eine dreischiffige Hallenkrypta liegt. In der Mitte der Ostwand befindet sich in einer flachen Nische ein aus Ziegeln gemauerter Altar. Das Untergeschoß verkörpert den Typus einer Umgangskrypta.

Es ist für St. Pantaleon ein Zusammenhang mit Bamberg belegbar, der für die Baugeschichte relevant gewesen sein könnte. Wie Stilvergleiche ergaben, lassen sich die erhaltenen Baureste schon mit der ersten urkundlichen Nennung der Kirche St. Pantaleon um 1050 in Verbindung bringen. Die Ottonen hatten die Verehrung des hl. Pantaleon im 10. Jahrhundert besonders gepflegt; Erzbischof Bruno von Köln, der Bruder Kaiser Ottos I., gründete das Benediktinerkloster St. Pantaleon vor den Mauern der Stadt Köln, und die aus Konstantinopel stammende Kaiserin Theophanu, Gemahlin Ottos II., ließ diese Kirche des byzantinischen Hauptheiligen mit einem Westwerk erweitern.
(Quelle: Geschichte der bildenden Kunst in Österreich I: Früh- und Hochmittelalter, hg. v. H. Fillitz, 1998, S. 264ff.)